本笔记主要记录一篇文献是DNA的锁和钥匙超分子组织；另一篇介绍节肢蛋白的LLPS，其只要聚焦于D3域的构象（通过核磁）

1 柔性四链螺旋通过诱导契合对DNA三联体表现出强烈的结合偏好性

H. D. Williams, S. J. Dettmer, S. Bajpai, M. J. Hannon, J. Am. Chem. Soc. 147, 40992–41003 (2025).

铂和配体L构成的$[Pt_2L_4]^{4+}$ 可以加入3-way DNA（3WJ）形成右边的结合体，表现出这个四聚螺旋对DNA三联体的结合偏好，但如果加入的是4-way DNA (4WJ)，虽然DNA四联体的形状和 $[Pt_2L_4]^{4+}$ 聚合体的形状是match的，但是其结合能反倒小于三联体的匹配。

推测可能是因为虽然shape相近，但四联体的空腔比核心要大很多，使得其中的碱基-核心π电子相互作用并不一定能够牢靠；而三联体虽然空腔小shape不match，但是size是match的，三联体空腔和核心大小接近使得π-π相互作用的距离足够近，从而导致结合能很大。

这个图就是具体的结构和识别示意图，见C图，L是C图右侧的配体，通过吡啶-N和酚-O基对Pt进行配位，具体的配位方式如C图左图所示蓝色是N，红色O，主要是N去配位。

核心为了挤进DNA三联体，实际上是会将DNA三联体的部分碱基对顶开，如图A所示的粉色部分。进入之后DNA三联体和核心之间有诸多的相互作用，例如Pt配体的吡啶环和临近碱基的Base Stacking效应（1对1的堆叠）；碱基对芳环和Pt配体的吡啶环的一对多堆叠Base Pair stacking效应。除此之外还有Transient的作用，一些瞬时作用，瞬时的π堆叠和瞬时的π-CH相互作用。

这里的kd越低，说明越容易结合，结合越稳定，这里作者就探究了铂和镍的区别，镍相比于铂更容易结合（因为镍的半径小啊，当然核心相对小一些所以破坏dna的力度没那么大）

扭曲程度过大也是导致四连体没那么好的原因之一：

2 单聚、相分离和交联节肢弹性蛋白生物材料的构象和动力学

主要是分析这个resilin蛋白（弹性蛋白LLPS）的构象变化：研究了D3作为单体、在相分离状态下和作为交联凝胶的构象、动力学和分子间相互作用。在阐明D3 LLPS的作用机制时，我们发现了一组复杂的静电和π -基相互作用，并辅之以疏水效应，从而微调了D3的溶液敏感性及其对LLPS的容量

其他的内容都是打核磁看构象